Найдено на Хабре:

 Структура приложения – это одна из основных причин, по которой PHP программисты превращаются из “изобретателей колеса” в пользователей фреймворков. Строгие соглашения о структуре приложения и именовании позволяют нам избавиться от тонны кода, сделать рабочий процесс предсказуемым и объединить усилия команды для быстрого и качественного написания ценного бизнес функционала – без вечного рефакторинга роутеров, контроллеров и тд

Yii Framework имеет консольную команду для создания основного костяка приложения, который позволяет практически сразу начать работу над веб-приложением. Gii Модуль позволяет создавать каркассы классов моделей, контроллеров и универсальных CRUD интрерфейсов. Однако, если функциональность вашего приложения находится за пределами обычного вебсайта, — фреймворк сам по себе уже не имеет встроенных помощников для создания комплексной архитектуры. 

И, хотя, все добротные схемы организационной структуры приложения описаны и хорошо известны (на самом деле, не так уж и “хорошо”), это не освобождает нас от шаблонного конструирования в новых проектах время от времени. Здесь приходит на помощь готовый скелет структуры приложения.

https://habrahabr.ru/sandbox/51747/

Пользуюсь YiiBoilerplate в своем последнем проекте. Отличная штука.