По умолчанию в Битриксе каталог не может корректно сортровать по цене, если в магазине цены указаны в нескольких валютах. То есть он сортирует по колонке PRICE в таблице b_catalog_price. Какая там валюта не учитывается. Через это возникает ошибка, что при сортировке по цене товары выводяться не в том порядке, в котором нужно. 

Для борьбы с этим необходимо создать отдельный тип цены, в котором будут храниться цены только в рублях и настроить каталог на то, чтобы он работал именно в этим типом цен. 

Также для удобства можно порекомендовать сделать обработчики событий при создании и обновлении цены. Тут интересный момент, у меня почему-то не срабатывало событие OnPriceUpdate, только OnBeforePriceUpdate. Никто не знает, почему?